No início do século XIX, famílias de Atibaia, Bragança e Nazaré fixaram-se num bairro chamado Camandocaia, na região do Sertão de Bragança, possivelmente atraídos pela fertilidade das terras da região.
Por volta de 1824, os moradores do retiro, com autorização do vigário capitular, constroem uma capela dedicada a Nossa Senhora do Amparo, que acabaria por dar nome à cidade.
Em 8 de abril de 1829, o bairro da capela de Nossa Senhora do Amparo ganha a condição de capela curada, data que é oficialmente considerada a fundação de Amparo. Com o crescimento dos anos seguintes, o aglomerado é elevado a condição de freguesia (1839).
1850 marca o início das lavouras de café, ciclo que impulsionaria a elevação da vila Nossa Senhora do Amparo à categoria de cidade em 1863.
No período de 1870 a 1875, Antônio Pedro e José Pedro de Godoy Moreira (irmãos de João Pedro de Godoy Moreira – fundador de Pedreira/SP – e tios maternos do Intendente Damásio Pires Pimentel), foram os primeiros eleitores de Amparo já que no “antigo regime” havia o sistema de eleições indiretas e uns tantos contribuintes ou votantes davam direito à nomeação de um eleitor, que os representava no colégio eleitoral, nas eleições provinciais e gerais.
Por lei provincial promulgada em 1873 foi criada a Comarca de Amparo, com os termos reunidos de Socorro eSerra Negra.
Quando da sagração da Igreja Matriz no ano de 1878, foi entronizada a imagem de Nossa Senhora do Amparo, trazida da cidade portuguesa do Porto sob o patronato da Baronesa de Campinas, Da. Anna Cintra.
Nas décadas seguintes, a cidade prosperou com o café, ganhou serviço de correios, inaugurou um jornal (“Tribuna Amparense”), iluminação com lampiões a querosene e a Companhia Mogiana de Estradas de Ferro, para escoar sua crescente produção de cafeeira rumo ao porto de Santos.
Em 1878, Amparo recebe a visita de Dom Pedro II, que é hospedado pelo Barão de Campinas, cidade já considerada a maior produtora de café do Brasil Império.
Aos 8 de setembro de 1885 era inaugurado o Clube 8 de Setembro tradicional clube socio cultural da cidade. O Dr. Bernardino de Campos, um de seus fundadores, foi eleito o seu 1º presidente.
Na gestão (de 1897 a 1899), do Intendente capitão Damásio Pires Pimentel, foi inaugurada em 8 de maio de 1898a iluminação elétrica da cidade. Pela lei nº 2886 de 03 de abril de 2003, a Prefeitura Municipal de Amparo, homenageando-o, deu o seu nome a um logradouro da cidade: a rua Intendente Damázio Pires Pimentel.
Na 2ª quinzena de 1902, assume a direção da Comarca o Juiz de direito Dr. Flavio Augusto de Oliveira Queirozsendo ele o Magistrado a permanecer por mais tempo na judicatura amparense – cerca de 20 anos. O Dr. Flavio, também, foi presidente do Clube 8 de Setembro nos anos 1904 – 1914 a 1915 – 1919 a 1921. Casou-se nessa cidade em 26 de março de 1904 com Julieta Goulart Penteado Pimentel (Yaya), filha do Intendente Damázio Pires Pimentel.
Durante os anos 20, a então Igreja Matriz, agora Catedral Nossa Senhora do Amparo, consoante projeto do engenheiro civil amparense Dr. Amador Cintra do Prado, neto do Barão de Campinas, é radicalmente reformada, tendo suas paredes reforçadas e suas torres finalizadas.
Tal projeção manteve-se até a segunda década do século XX, quando então a grave crise do café (1929) trouxe crise e estagnação econômica à cidade. E foi neste mesmo ano que o Secretário de Justiça do Estado de São Paulo, Artur Piqueroby de Aguiar Whitaker, em discurso, designou a cidade como a “Flor da Montanha”.
Em 1932, Amparo foi um dos importantes palcos da Revolução Constitucionalista.
Somente a partir de 1940, a estagnação econômica provocada pela crise do café começou a se reverter, com o surgimento, ainda tímido, da atividade industrial.